Il toponimo Silki, ancora privo di etimologia certa, potrebbe rifarsi ai lecci che un tempo formavano un bosco sulla collinetta (ce ne danno testimonianza alcuni alberi secolari). Del villaggio di epoca medievale restano poche tracce. Sopravvive al tempo la chiesa di san Pietro in Silki, per alcuni studiosi chiesa dell’omonimo villaggio, per altri cappella regia dei Giudici di Torres, accanto alla quale venne costruito all’inizio del XII secolo un monastero per le Benedettine, come attestato nel Condaghe, prezioso registro in lingua sarda. Quando nel 1284 Genova riprese il controllo della città di Sassari, allora in mano pisana, il Comune si impegnava a cacciare entro tre mesi i pisani presenti nel suo territorio; anche le monache, dipendenti dal monastero di S. Maria di Vasta, erano interessate al decreto di espulsione, tuttavia abbandonavano la loro sede soltanto nel 1355. Nei primi del XV secolo l’arcivescovo turritano assegnava il convento ad un gruppo di Frati Minori che, staccatosi probabilmente dal convento di S. Maria di Betlem per fondare una nuova comunità, ne otteneva la concessione ufficiale nel 1467.
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