Il grande retablo dell’altare maggiore, costruito con i contributi dei sassaresi raccolti dal ‘limosinero’ Calvia, fu terminato nel 1755. L’opera, commissionata a intagliatori locali – come attestato dall’aquila bilaterale che sormonta il fastigio, segno della manifattura sassarese – è stata realizzata sul posto, nell’attuale ubicazione originaria.
Alto 12 metri e largo 6,5 circa, il retablo è diviso in due ordini, ciascuno dei quali separato verticalmente da quattro colonne corinzie scanalate su plinto; la fila inferiore poggia su basamento, al centro del quale è posto il paliotto dorato.
Dalla cima del fastigio domina la Vergine Immacolata, raffigurata tra i due teologi francescani che, più di ogni altro, hanno indagato sulle verità di fede relative alla Madre del Signore: san Bonaventura († 1274), raffigurato con la preghiera che amava rivolgere a Maria, “Domina mea, mater mea” e, a destra, il beato Giovanni Duns Scoto († 1308) mentre compone la sua dissertazione sull’immacolato Concepimento della Vergine.
Anticamente al centro del retablo, nella parte inferiore, vi era una statuetta di san Giovanni Battista, che soltanto nei mesi di maggio e settembre veniva sostituita dal Simulacro della Vergine delle Grazie, oggi invece permanentemente esposta al culto dei fedeli. Della statua di san Giovanni Battista non si hanno tracce, ma la memoria della sua venerazione in questa chiesa è attestata dal dipinto di un minuscolo fregio nel paliotto centrale, oltre che in una delle due grandi tele laterali, in cui il Battista compare alla destra di san Pietro.
L’apostolo, titolare della chiesa fin dalla fondazione remota nel periodo bizantino, è raffigurato nella statua dorata posta al centro del retablo, realizzata nel 1755. San Pietro, che indossa la tiara papale e le vesti dorate, è raffigurato nell’atto di benedire mentre, nella mano sinistra, detiene il libro delle sue epistole. L’effige, pur approssimativa nella resa anatomica, si distingue per una certa finezza fisionomica.
Le quattro nicchie agli angoli ospitano, nella parte inferiore, le statue di san Francesco d’Assisi († 1226) e, sulla destra, di san Pietro d’Alcantara († 1562), come risulta dall’inventario del 1764. Nella parte superiore sono poste le statue dei due santi frati promotori della riforma dell’Osservanza: san Bernardino da Siena († 1444), nell’atto di indicare il monogramma del nome di Gesù, come era solito fare nelle sue predicazioni, e san Giacomo della Marca († 1476), rappresentato con un calice in mano e, nell’altra, il libro, elementi iconografici evocativi delle sue dispute con i seguaci di Giovanni Huss († 1415), i quali negavano la transustanziazione nell’Eucaristia. Da un documento di archivio risulta che san Giacomo della Marca è sostato a Sassari tra maggio e giugno del 1472, al cui seguito era giunto in Sardegna anche il beato Bernardino da Feltre († 1494), a cui è dovuto il ritrovamento del Simulacro delle Vergine delle Grazie.